Os Centros representam as unidades integradoras, multidisciplinares e interlocutoras entre o planejamento estratégico, administrativo e orçamentário, o de lotação de pessoal, bem como os interesses didático-científicos e administrativos dos órgãos setoriais.

A UnDF é composta pelos seguintes Centros:

I – Centro de Ciências Humanas, Cidadania e Meio Ambiente;

II – Centro de Educação, Magistério e Artes;

III – Centro de Engenharias, Tecnologia e Inovação;

IV – Centro de Ciências Biológicas e da Saúde.

Cada Centro congrega um conjunto de Escolas Superiores – ES, que serão responsáveis pelos cursos a serem ofertados.